E. DEMET AKTEN (AKDOĞAN)

Prof. Dr.
E. DEMET AKTEN (AKDOĞAN)

Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölüm Başkanı

D BLOK 2. KAT 250

+90 (212) 533 65 32 / 1350

CV

Eğitim

Doktora

UNIVERSITY OF AKRON (Akron, Ohio, U.S.A)
Polimer Bilimi, Institute of Polymer Science

Yüksek Lisans

BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
Kimya Mühendisliği

Lisans

BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
Kimya Mühendisliği

Araştırma Alanları

  • Moleküler Modelleme ve Simülasyon
  • Proteinlerin Dinamik Özellikleri ve İşlevlerine Olan Etkisi
  • Proteinlerdeki Allosterik Etkileşim Ağları
  • Protein-Protein Arayüzey Bölge Tahmini
  • Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı
  • Hesaplamalı Yapısal Biyoinformatik
  • Hücre Zarı Proteinleri (GPCRs)
  • Veri Madenciliği ve Makine Öğrenme Teknikleri

İş Deneyimi

2020 / Devam Eden Kadir Has Üniversitesi
Profesör

2014 / 2020 Kadir Has Üniversitesi
Doçent

2008 / 2014 Kadir Has Üniversitesi
Yardımcı Doçent

2006 / 2008 Haliç Üniversitesi
Yardımcı Doçent

2002 / 2004 Novartis (GNF)
Doktora sonrası araştırmacı

2001 / 2002 Carnegie Mellon University
Doktora sonrası araştırmacı

Yayınlar

  • "Hydrogels from Protein–Polymer Conjugates: A Pathway to Next-Generation Biomaterials",
    Alayoubi, Oubadah; Poyraz, Yağmur; Hassan, Gana; Gül, Sümeyye Berfin; Çalhan, Nergiz; Mert Şahin, Naz Mina; Gautam, Megha; Kutlu, Aylin; Özuğur Uysal, Bengü; Akten, Ebru Demet; Pekcan, Önder; Gels, (2025) Vol.11, No.2, DOI: 10.3390/gels11020096
  • "Tunnel-like region observed as a potential allosteric site in Staphylococcus aureus Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase",
    Guner-Yılmaz, Ozde Zeynep; Kurkcuoglu, Ozge; Akten, Ebru Demet; Archives of Biochemistry and Biophysics, (2024) Vol.752, DOI: 10.1016/j.abb.2023.109875
  • "Effective drug design screening in bacterial glycolytic enzymes via targeting alternative allosteric sites",
    Turkmenoglu, Ipek; Kurtulus, Gamze; Sesal, Cenk; Kurkcuoglu, Ozge; Ayyildiz, Merve; Celiker, Serkan; Ozhelvaci, Fatih; Du, Xin; Liu, George Y.; Arditi, Moshe; Akten, Ebru Demet; Archives of Biochemistry and Biophysics, (2024) Vol.762, DOI: 10.1016/j.abb.2024.110190
  • "Altered Dynamics of S. aureus Phosphofructokinase via Bond Restraints at Two Distinct Allosteric Binding Sites",
    Celebi, Metehan; Akten, Ebru Demet; Journal of Molecular Biology, (2022) Vol.434, No.17, DOI: 10.1016/j.jmb.2022.167646
  • "Potential allosteric sites captured in glycolytic enzymes via residue-based network models: Phosphofructokinase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and pyruvate kinase",
    Celebi, Metehan; Inan, Tugce; Kurkcuoglu, Ozge; Akten, Ebru Demet; Biophysical Chemistry, (2022) Vol.280, DOI: 10.1016/j.bpc.2021.106701
  • "Information Transfer in Active States of Human β2-Adrenergic Receptor via Inter-Rotameric Motions of Loop Regions",
    Sogunmez, Nuray; Akten, Ebru Demet; Applied Sciences (Switzerland), (2022) Vol.12, No.17, DOI: 10.3390/app12178530
  • "Drug repositioning to propose alternative modulators for glucocorticoid receptor through structure-based virtual screening",
    Metin, Reyhan; Akten, Ebru Demet; Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2021) DOI: 10.1080/07391102.2021.1960608
  • "Editorial: Understanding Protein Dynamics, Binding and Allostery for Drug Design",
    Hu, Guang; Doruker, Pemra; Li, Hongchun; Akten (Akdoğan), Ebru Demet; Frontiers in Molecular Biosciences, (2021) Vol.8, 681364 DOI: 10.3389/fmolb.2021.681364
  • "Distinctive communication networks in inactive states of β2-adrenergic receptor: Mutual information and entropy transfer analysis",
    Sogunmez, Nuray; Akten, Ebru Demet; Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, (2020) Vol.88, No.11, 1458-1471 DOI: 10.1002/prot.25965
  • "Identification of Alternative Allosteric Sites in Glycolytic Enzymes for Potential Use as Species-Specific Drug Targets",
    Ayyildiz, Merve; Celiker, Serkan; Ozhelvaci, Fatih; Akten, E. Demet; Frontiers in Molecular Biosciences, (2020) Vol.7, DOI: 10.3389/fmolb.2020.00088
  • "Intrinsic Dynamics and Causality in Correlated Motions Unraveled in Two Distinct Inactive States of Human β 2 -Adrenergic Receptor",
    Sogunmez, Nuray; Akten, E. Demet; Journal of Physical Chemistry B, (2019) Vol.123, No.17, 3630-3642 DOI: 10.1021/acs.jpcb.9b01202
  • "Ligand-binding affinity of alternative conformers of human β2-adrenergic receptor in the presence of intracellular loop 3 (ICL3) and their potential use in virtual screening studies",
    Dilcan, Gonca; Doruker, Pemra; Akten, Ebru Demet; Chemical Biology and Drug Design, (2019) Vol.93, No.5, 883-899 DOI: 10.1111/cbdd.13478
  • "Assessing protein–ligand binding modes with computational tools: the case of PDE4B",
    Çifci, Gülşah; Aviyente, Viktorya; Akten, E. Demet; Monard, Gerald; Journal of Computer-Aided Molecular Design, (2017) Vol.31, No.6, 563-575 DOI: 10.1007/s10822-017-0024-7
  • "Investigation of allosteric coupling in human β2-adrenergic receptor in the presence of intracellular loop 3",
    Ozgur, Canan; Doruker, Pemra; Akten, E. Demet; BMC Structural Biology, (2016) Vol.16, No.1, DOI: 10.1186/s12900-016-0061-9
  • "Structural analysis of peptide fragments following the hydrolysis of bovine serum albumin by trypsin and chymotrypsin",
    Özyiǧit, Ibrahim Ethem; Akten, E. Demet; Pekcan, Önder; Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2016) Vol.34, No.5, 1092-1100 DOI: 10.1080/07391102.2015.1068712
  • "How an Inhibitor Bound to Subunit Interface Alters Triosephosphate Isomerase Dynamics",
    Kurkcuoglu, Zeynep; Findik, Doga; Akten, Ebru Demet; Doruker, Pemra; Biophysical Journal, (2015) Vol.109, No.6, 1169-1178 DOI: 10.1016/j.bpj.2015.06.031
  • "Transmembrane helix 6 observed at the interface of β 2AR homodimers in blind docking studies",
    Koroglu, Ayca; Akten, Ebru Demet; Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2015) Vol.33, No.7, 1503-1515 DOI: 10.1080/07391102.2014.962094
  • "Discovery of high affinity ligands for β2-adrenergic receptor through pharmacophore-based high-throughput virtual screening and docking",
    Yakar, Ruya; Akten, Ebru Demet; Journal of Molecular Graphics and Modelling, (2014) Vol.53, 148-160 DOI: 10.1016/j.jmgm.2014.07.007
  • "Effect of intracellular loop 3 on intrinsic dynamics of human β2-adrenergic receptor",
    Ozcan, Ozer; Uyar, Arzu; Doruker, Pemra; Akten, Ebru Demet; BMC Structural Biology, (2013) Vol.13, No.1, DOI: 10.1186/1472-6807-13-29
  • "Exploring distinct binding site regions of β2 -adrenergic receptor via coarse-grained molecular dynamics simulations",
    Çakan, Sibel; Akdoğan, Ebru Demet; Turkish Journal of Chemistry, (2013) Vol.37, 449-463 DOI: 10.3906/kim-1208-16
  • "Molecular docking study based on pharmacophore modeling for novel phosphodiesteraseIV inhibitors",
    Çifci, Gülşah; Aviyente, Viktorya; Akten, E. Demet; Molecular Informatics, (2012) Vol.31, No.6-7, 459-471 DOI: 10.1002/minf.201100141
  • "In silico design of novel and highly selective lysine-specific histone demethylase inhibitors",
    Akten (Akdoğan), E. Demet; Erman, Burak; Yelekci, Kemal; Turkish Journal of Chemistry, (2011) Vol.35, 523-542 DOI: 10.3906/kim-1102-985
  • "Blind Dockings of Benzothiazoles to Multiple Receptor Conformations of Triosephosphate Isomerase from Trypanosoma cruzi and Human",
    Kürkçüoğlu, Zeynep; Ural, Gulgun; Akten (Akdoğan), Ebru Demet; Doruker, Pemra; Molecular Informatics, (2011) Vol.30, 986-995 DOI: 10.1002/minf.201100109
  • "A docking study using atomistic conformers generated via elastic network model for cyclosporin a/cyclophilin a complex",
    Akten, E. Demet; Cansu, Sertan; Doruker, Pemra; Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, (2009) Vol.27, No.1, 13-25 DOI: 10.1080/07391102.2009.10507292

Projeler

Proje Adı Görevi Proje Türü Fonlayan Kuruluş Başlangıç Tarihi Bitiş Tarihi
"Bakteri ve parazit türlerine ait glikolitik enzimlerde türe özgü ilaç tasarımında kullanılacak hedef potansiyel allosterik bölgelerin belirlenmesi " Yürütücü Ulusal Proje Diğer Ulusal 27.12.2024
27.12.2025
"Protein Kompleks Arayüzey Bölgelerin Yapısal Parmak İzleri: Makine Öğrenme Yöntemiyle Arayüzey Tahmini" Yürütücü Ulusal Proje TÜBİTAK ARDEB 01.03.2022
01.03.2025
"Glikolitik enzimlerde türe özgü bağlanma bölgelerinin belirlenmesi ve allosterik ilaç tasarımında kullanımı" Yürütücü Ulusal Proje TÜBİTAK ARDEB 01.03.2019
01.03.2022
"Kompleks Proteinlerin Farklı Bölgelerindeki Amino Asit Dağılımı ve Etkileşimini Etkileyen Çevresel ve Yapısal Faktörlerin İncelenmesi: Hücre Zarı Ortamı, Sekonder Yapı ve Kompleks Yapıdaki Mo" Yürütücü Ulusal Proje TÜBİTAK ARDEB 01.09.2019
01.09.2020
"213M544- b2 Adrenerjik Reseptöründe Aktif ve İnaktif Hallere Geçişlerdeki Allosterik Mekanizmanın Araştırılması ve İlaç Tasarım Çalışmalarında Uygulaması" Yürütücü Ulusal Proje TÜBİTAK ARDEB 01.04.2014
01.04.2017
"109M281: Beta-2 Adrenerjik Reseptör Proteinin Dinamik Yapısının Araştırılması ve Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımındaki Önemi" Yürütücü Ulusal Proje TÜBİTAK ARDEB 01.11.2009
01.11.2012

Verilen Dersler

Ders Adı Ders Kodu Dönem
Genel Kimya Lab II CHEM122 2024/25 Bahar
Bilimsel Araştırma I FENS495 2024/25 Bahar
Biyoinformatiğe Giriş MBG304 2024/25 Bahar
Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı MBG432 2024/25 Bahar
Mezuniyet Projesi I MBG411*1 2024/25 Güz
Genel Kimya Lab I CHEM121 2024/25 Güz
Moleküler Modelleme ve Simülasyon MBG320 2024/25 Güz